Rybníkářství patří k tradičním pilířům jihočeského regionu a zároveň k odvětvím citlivým na vnější ekonomické i environmentální vlivy. Také společnost Rybářství Třeboň a.s. se v posledních letech vyrovnává se zvýšenými nároky na stabilitu, odolnost a dlouhodobé plánování v oblasti akvakultury. Významnou roli přitom hraje zajišťování mimoprodukčních funkcí rybníků, které plní v rámci celospolečenských služeb v oblasti klimatu a životního prostředí, bez přímého ekonomického zhodnocení. Tyto aspekty se promítají také do nových politických priorit Evropské unie, zaměřených na moderní ekonomiku s efektivním využíváním zdrojů.